Vzhledem ke způsobu jakým myš funguje je pochopitelné, že kulička i válečky musí zůstat čisté. Při pohybu myši po podložce se na kuličku nachytává prach, který se potom usazuje na válečkách. To snižuje citlivost myši, nebo způsobuje trhaný pohyb.
Myš obrátíme vzhůru nohama a otočením odstraníme kryt kuličky. Na krytu bývají místa pro opření prstů a též šipky, v jejichž směru krytem pootočíme. Někdy je nutné použít i větší sílu, kryt má totiž západky. Nyní by měl jít kryt již snadno sundat. Vyjmeme vlastní kuličku. Kuličku očistíme od prachu a odmastíme např. denaturovaným lihem. Usazený prach a nečistoty z válečků nejdříve oškrábeme např. seříznutou špejlí. Poté nečistoty z vnitřku myši vyfoukáme a vyklepeme ven. Válečky je možné vyčistit kouskem vaty namočené v lihu. Všechny součásti myši necháme oschnout a opět složíme dohromady. Povrch myši lze vyčistit speciálními prostředky pro čistění plastů. Podložku myši udržujeme pokud možno neustále čistou a bez prachu.
Nyní bude vaše myš opět jako nová.Optické myši nevyžadují téměř žádnou údržbu, pouze odstraníme prach ze spodní strany myši.