Při každém otevírání a zavírání CD mechaniky vniká dovnitř prach. Ten se postupně usazuje na čtecí optice mechaniky a znesnadňuje tak správné zaměření laseru na datové médium. Při takovémto stavu musí mechanika zaměřovat laser déle a tím dochází ke značnému snížení čtecí rychlosti.
Aby mechanika byla stále v dobrém stavu, je vhodné ji čas od času vyčistit. Některé typy CD mechanik mají v sobě zabudován mechanismus, který po každém vložení CD automaticky očistí kartáčkem prach z čtecí čočky laseru. Přestane-li vaše CD mechanika číst CD média, nebo má se čtením výrazné problémy, bude nutné ji vyčistit.
K čistění použijeme speciální CD, které má na svém povrchu nalepen malý kartáček, jenž na sebe sbírá všechnu špínu, kterou v mechanice najde. Narozdíl od disket se CD nedostává do fyzického kontaktu se čtecím laserem a proto není potřeba špínu předem rozpustit. Čistící cédéčko, většinou označované jako CD Lens Cleaner, vkládáme do mechaniky kartáčkem dolů.
Mechanika se ihned po vložení CD pokusí načíst jeho obsah, takže základní čistění proběhne automaticky. CD navíc obsahuje speciální program, který se automaticky spustí a přehrává hudební stopu. Tím se CD otáčí podstatně déle a déle také probíhá čistění. Kartáček se dotýká čtecí optiky a otírá usazený prach a nečistoty. Stopu stačí přehrát jednou až dvakrát, v případě většího znečistění postup opakujeme. Tímto způsobem lze vyčistit CD mechaniku, aniž bychom ji museli rozebírat. Čistící CD se ovšem nehodí jen pro čistění CD mechanik, lze ho použít i pro čistění CD přehrávačů.