Pedagogická fakulta jako součást Jihočeské univerzity přispívá k ekonomickému, technologickému, společenskému a kulturnímu rozvoji jihočeského regionu. Jako instituce má ve vzdělávacím systému svoji misi a roli. Ta spočívá v přípravě expertů pro potřeby vzdělávání – v přípravě budoucích učitelů a dalších odborníků pro edukační praxi. Činnost fakulty má významný národní dopad a zřetelný mezinárodní přesah. Obsah studia vychází z aktuálních vědeckých poznatků, mezinárodních i národních vzdělávacích výzkumů a šetření a reaguje na výzvy vzdělávací praxe.
Pedagogická fakulta JU je učící se organizací, která vyhodnocuje své zkušeností ke zlepšování sebe samé. Adaptuje své organizační modely a akreditační procesy na měnící se společenské, ekonomické a technologické podmínky a zavádí nové, promyšlené postupy ve všech svých činnostech tak, aby co nejlépe připravila odborníky pro edukační praxi. Jde o přípravu profesní, tj. o přípravu pro výkon profese učitele a dalších pedagogických pracovníků (např. vychovatele, asistenta pedagoga, sociálního pedagoga), které mají velký význam pro vývoj a kvalitu společnosti v budoucnosti. PF JU v těchto oblastech vnímá svoji odpovědnost – k vysokoškolskému studiu přistupuje s vědomím jeho významu pro další profesní dráhu absolventů.